Instituído em 1999, o Curso de Engenharia Ambiental da Unipinhal foi um dos pioneiros na região. Com uma grade curricular consistente e totalmente adaptada ao mercado atual, o curso prima pelo equilíbrio entre tradição em ensino da Unipinhal e modernidade, fazendo com que os egressos sejam rapidamente alocados no mercado de trabalho, a exemplo de empresas públicas, privadas ou consultorias e ainda em cursos de pós-graduação de excelência. Neste contexto, o curso de Engenharia Ambiental conta com disciplinas das áreas das Ciências Exatas e Biológicas. Aulas de cálculo, física, química, fenômenos de transporte e estatística alternam-se com as de ecologia, geologia, hidrologia, topografia, materiais alternativos e hidráulica. Também fazem parte do conteúdo disciplinas profissionalizantes, como tratamento de resíduos e efluentes, tratamento de água para abastecimento, cálculo de emissões atmosféricas, hidráulica ambiental e recursos hídricos, avaliação de impactos ambientais, economia, gestão ambiental, saneamento, modelagem ambiental, planejamento territorial e outras não menos importantes. O estágio é obrigatório, bem como a apresentação de um trabalho (projeto) de conclusão de curso, sendo um projeto na área de meio ambiente. A infra-estrutura da Escola, que oferece apoio de laboratórios para aulas práticas é outro importante diferencial do curso.